🧾 2025年の年末調整に向けて、企業が準備すべき人事労務対応

2025-10-15 最終更新日時 : 2025-10-15 佐怒賀 奨吾

〜制度改正のポイントと実務でやっておくべきこと〜

毎年の恒例行事である「年末調整」。
しかし2025年（令和7年分）は、例年どおりの対応では済みません。

所得控除の見直しや電子化の拡大など、制度そのものの改正に加え、
人事・労務部門としても事前に整備しておくべき運用体制 が複数あります。

この記事では、税務的な解説ではなく、
「年末調整をスムーズに進めるための人事労務上の準備」
にフォーカスして整理します。

1． 改正の概要（2025年の変更点をざっくり把握）

2025年の年末調整では、以下のような制度改正が予定されています。

  • 基礎控除・給与所得控除の見直し（高所得者の控除縮小）
  • 「特定親族特別控除」の新設
  • 証明書類の電子化が正式に認められる
  • 扶養控除・配偶者控除の所得区分の見直し
  • マイナンバーカード電子証明書の更新注意

これらはいずれも 2025年12月（令和7年分）年末調整から適用 されます。

制度の細かい税務判断は税理士領域ですが、
人事労務担当者が「仕組みとして備えるべき環境整備」には直接影響します。

2． 人事労務としての準備ポイント

（1）電子化に向けた運用整備

生命保険料控除証明書などの提出が電子データで可能になります。
これにより、紙書類の回収・保管が不要になる反面、
社内の電子データ管理体制 が問われるようになります。

  • どの形式のデータを受け取るか（PDF・XML・スクリーンショット等）
  • 保存場所（クラウド・サーバー・共有フォルダ）の決定
  • 個人情報保護とアクセス権限の設定

特に、電子提出を前提にする場合は 従業員への周知と操作説明 が欠かせません。

（2）マイナンバーカード・電子証明書の期限管理

マイナンバーカード自体の有効期限は10年ですが、
電子証明書（署名用・利用者証明用）は5年で失効 します。

  • 電子申告や控除証明書の提出に使う場合、期限切れだと手続きが止まる
  • 従業員の証明書更新を把握しておく必要がある

社員のカードを預かるわけにはいかないので、
「期限が切れそうな人に通知する仕組み」や「更新マニュアル」を整えておくと安心です。

（3）税理士・給与システムとの連携準備

控除制度や様式変更により、給与計算システムの更新が必要になります。
また、税理士が年末調整処理を行う企業では、
データ連携・やり取りの形式 を早めに確認しておくことが重要です。

  • 改訂された申告書のフォーマットを使用しているか
  • 給与データの共有方法（CSV出力／クラウド共有など）
  • 税理士との連絡スケジュール

「11月に入ってから慌てて確認」では間に合いません。
10月中に担当間の分担ルールを明確にしておきましょう。

3．社内対応で見落としがちなポイント

  • 新入社員や中途入社者への年末調整案内を忘れていないか
  • 扶養控除等申告書などの旧様式を誤って配布していないか
  • 電子データ提出希望者への操作ガイドを整備しているか
  • 紙提出者との併用ルールを明確にしているか

これらは“税額計算”ではなく、人事労務管理の整備不備 に関わるミスです。
年末調整が税理士任せでも、回収・確認・管理は社労士領域の責任範囲 に含まれます。

まとめ

2025年の年末調整は、単なる税制改正ではなく、
電子化と労務管理体制の整備が問われる年 です。

人事・労務部門としては、

  • 提出・保存方法の電子化対応
  • マイナンバー関連の有効期限管理
  • 税理士・システムとのデータ連携準備

この3点を早めに整えておくことが、トラブル防止と業務効率化につながります。

💬 年末調整を含む年末業務フローや電子化対応の見直し相談
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「税理士任せでいいと思っていたけど、社内運用が整っていない…」
そんな状態の企業様へ。
人事労務の観点から、安心して運用できる体制づくりをサポートします。

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佐怒賀 奨吾

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